เฟเดอเรอร์ก่อตั้ง มูลนิธิโรเจอร์ เฟเดอเรอร์ (Roger Federer Foundation) ขึ้นในเดือนธันวาคม ค.ศ. 2003 โดยมีจุดมุ่งหมายเพื่อรวบรวมทุนให้สำหรับการช่วยเหลือเด็กพิการ โดยเน้นที่ประเทศแอฟริกาใต้ ตัวอย่างเช่น ทุน IMBEWU[19] ในเดือนมกราคม ค.ศ. 2005 เฟเดอเรอร์ได้สนับสนุนให้นักเทนนิส ช่วยกันหาเงินทุนสำหรับ ผู้ที่ได้รับผลกระทบจาก สึนามิในปี ค.ศ. 2004 และได้ประมูลไม้เทนนิสที่มีลายเซ็นของตนกำกับเอาไว้ เพื่อนำเงินไปสมทบทุนองค์การยูนิเซฟ[20] เมื่อวันที่ 3 เมษายน ค.ศ. 2006 เฟเดอเรอร์ได้รับแต่งตั้งเป็น ทูตระหว่างชาติ จากองค์การยูนิเซฟ[21] เพื่อช่วยเหลือเด็กยากจนทั่วโลก วันที่ 23 ธันวาคม ค.ศ. 2006 เขาไปเยี่ยมเด็กๆที่รัฐทมิฬนาดู ประเทศอินเดีย ซึ่งประสบภัยจากสึนามิ และกล่าวว่า "มันน่าตื่นตาตื่นใจมากที่เห็นเด็กๆใช้การซ่อมแซมจากความเสียหาย เพื่อเป็นโอกาสในการพัฒนาวิถีชีวิตของพวกเขา การที่เด็กๆสามารถฟื้นจากสภาพการณ์ที่เลวร้ายมากๆ ถือเป็นการปรับตัวที่น่ายกย่อง"[22]